概要・活動内容

ゲノム・エピゲノム解析支援活動

ゲノム・エピゲノム解析支援活動 班長 時野 隆至

札幌医科大学 医学部 フロンティア医学研究所 ゲノム医科学部門 教授

平成27年度 文部科学省科学研究費 新学術領域研究「がん研究分野の特性等を踏まえた支援活動」

「がん研究分野の特性等を踏まえた支援活動」の一環として、本年度から「ゲノム・エピゲノム解析支援活動」が開始されます。がんゲノム解析の飛躍的な進歩に伴い400種類以上の遺伝子の変異が顕然となったことを受け、半導体シーケンサーを利用したがん関連遺伝子の網羅的な変異解析を行い、その成果をがんの存在診断や病態診断に活用するための支援活動をはじめます。本活動では、各種がんにおけるドライバー遺伝子探索および変異スペクトルのプロファイリングを行う研究者を対象に、50種類あるいは409種類のがん関連遺伝子の変異解析の支援を行います。また、DNAメチル化やクロマチン リモデリングなどのエピゲノム異常との関連を解明するがんエピゲノム研究の支援活動も行います。

概要

1.がん関連遺伝子の変異解析
がん関連遺伝子の特定領域のゲノムを増幅し、そのアンプリコンをターゲットリシーケンスすることにより体細胞変異を高解像度に捉えることが可能です。また、微量DNAからの解析が可能でFFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)検体などにも対応します。カスタムパネルの設計、解析のご相談にも対応する予定です。申請書にご記入のうえ、お申し込みください。解析予定数を超える場合には、採択の選考を行なうことがあります。(時野)

2.エピゲノム解析
パイロシークエンスによるDNAメチル化解析を行います。希望の遺伝子あるいは領域に対しバイサルファイトPCRプライマーを設計し、パイロシークエンスによる定量的メチル化解析を行います。MSP、バイサルファイト・シークエンスなど、他のメチル化解析法についてもご相談に応じます。(鈴木)

3.microRNA発現解析
凍結検体だけでなく、 FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)検体からDNAやRNAを抽出し、癌で異常発現するmicroRNAをReal-time PCRで解析します。
パイロシークエンスによる遺伝子変異解析やMethyLight (Real-time PCR) による癌関連遺伝子メチル化解析法についてもご相談に応じます。(能正)

がん研究分野の益々の発展のために、本支援活動を有効にお使いください。

「ゲノム・エピゲノム解析支援活動」班長 時野隆至

【がん関連遺伝子の変異解析】
特徴
  • 次世代半導体シーケンサー (Ion PGM) 対応
  • 全エクソンシーケンスには不適な微量DNAからの解析も可能で、FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)検体などにも対応
  • カスタム解析の相談にも対応

支援内容
  • Ion AmpliSeq Cancer Panelを利用した解析では、がん関連遺伝子をターゲットにしたアンプリコンを作製し、Ion PGMシーケンサーで塩基配列を決定し変異解析を行います。附属のTorrent Suiteソフトウェアから予測されるホットスポット塩基の変異レポートを作成します。
  • Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 (50種類のがん関連遺伝子)
  • Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel (409種類のがん関連遺伝子)
  • Ion AmpliSeq Mouse Cancer Panel (41種類のマウスがん関連遺伝子)
  • カスタムパネルの設計・解析の相談に応じます
  • 本年度は250例を解析予定しています。


【エピゲノム解析】
特徴
  • パイロシークエンスによる定量的・ハイスループットなDNAメチル化解析
  • MSP、MethyLight、バイサルファイト・シークエンスなど、他の方法によるDNAメチル化解析のご相談にも応じます。

支援内容
  • 希望する遺伝子やゲノム領域に対してプライマーを設計し、バイサルファイト・パイロシークエンスによる定量解析を行います。多数検体のメチル化解析にも対応します。
  • 1件あたり、10〜20遺伝子以内、100〜200検体程度を想定していますが、それ以上の遺伝子数および検体数の場合、個別にご相談いたします。
  • MSP、MethyLight、バイサルファイト・シークエンスなどのプライマー設計および解析も相談に応じます。


【microRNA発現解析】
特徴
  • 凍結検体だけでなく、FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)検体からRNAを抽出し、異常発現するmicroRNAをReal-time PCRで解析します。
  • パイロシークエンスによる遺伝子変異解析やMethyLight (Real-time PCR) による癌関連遺伝子メチル化解析法についてもご相談に応じます。

支援内容
  • 目的のmicroRNAのプライマーを発注し、Applied Biosystems 7500 PCR システムで解析いたします。
  • 凍結検体だけでなくFFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)検体にも対応いたします。
  • 必要RNA量は10ngですが、それに満たない場合でも解析が可能なことがありますので、ご相談ください。
  • 年間解析数は250-300症例を想定しておりますが、それ以上の場合でも対応いたしますのでご連絡ください。